Есть 2 конфигурации в 1С 7.7.
Обе защищены ключами duardant , в обеих используется metakey.dll и decoder.dll

decoder.dll зарегана, о чём свидетельствует запись в реестре.
metakey.dll - по-моему сам грузится, и ему абсолютно без разницы, есть запись в реестре или нет.

Вроде бы всё замечательно должно быть.

Но при этом 1 конфа загружается без проблем, а 2-ая практически всё время при загрузке выдаёт ошибки в виде нескольких строчек "мусора", но при этом иногда загружается и вторая конфа, но этот процесс непредсказуем.

Посоветуйте, что делать?
в чём может быть ошибка?

(0)Гугл рулит :) Не стоит баловаться всякими мусоро-кеями ;)
Они от лукавого.

Неужели никто не знает в чём может быть проблема? Неужели никто не сталкивался с такой проблемой?

скопируй metakey.dll и decoder.dll из первой базы во вторую.

Если dll лежат в папках баз, то скопируй их в какую-нибудь одну папку, доступную для всех баз, перерегистрируй decoder.dll и пропиши в конфигурации полный путь к компоненте.