Почему нельзя делать запрос по таблице значений, ведь можно делать запрос по виртуальным таблицам напр. РегистрНакопления.Имя.Остатки(...)

Таблица значений это что и где?

По восьмерошному определению - универсальная коллекция значений, а если по-русски - просто таблице, у кторой есть некоторое количество столбцов и строк.

Запрос по таблице - посмотри отбор строк методом НайтиСтроки() может подойдет?
Ну, а вообще не надо создавать такую модель базы, что из нее запросом невозможно вытянуть данные, которые тебе нужны. :)

Вообще BOS прав. Виртуальные таблицы от 1С это всего лишь view на языке SQL. Они живут на сервере, вернее выфильтровывабтся из таблиц SQL базы.
95-100% данных при грамотном проектировании возможно потянуть простым SQL запросом. Остальное только обработать, для отображения.

СПС. Теперь доперло! Ведь ТЗ находится в оперативной памяти лок. компьютера, а виртуальные таблицы типа РегистрНакопленияИмя.Остатки(...) памяти сервера.:))