(+0) При настройке УРБД, разумеется, можно вырубить (не использовать) штатный почтовый обмен, и прикрутить для посылания и приема выгрузок что-то свое.
Если обмен производится средствами XML (например, для интеграции с 1С:Предприятием 8.0, разными конфигурациями или вообще другими системами), то можно отключить формирование выгрузок в настройках УРБД, и использовать эту подсистему только для мониторинга изменений в БД.